matematica:asd:asd_18:mini_progetto_18
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Mini-progetto di ASD, anno accademico 2018/19
Questo progetto è in versione ristretta per chi sostiene la prova scritta o prepara un seminario.
Questo progetto sostituisce l'esame scritto del corso o il seminario, e non necessita la presentazione del mini-progetto.
Il progetto utilizza un file di input contenente stringhe di lunghezza prefissata k, che rappresentano i k-meri ottenuti dalle “read” dell'High Throughput Sequencing (HTS) su sequenze di DNA. Tali k-meri definiscono un grafo di de Bruijn come descritto nei lucidi del corso: lucidi .
Il progetto richiede di:
- Scaricare uno dei file di input, dove k=100: 10^5 read, 10^6 read, 10^7 read (fonte:https://github.com/felipelouza/egap/tree/master/dataset)
- Costruire il corrispondente grafo di de Bruijn.
- Trovare, se esiste, un ciclo Euleriano del grafo stampando la rispettiva sequenza di caratteri.
matematica/asd/asd_18/mini_progetto_18.1558219176.txt.gz · Ultima modifica: 18/05/2019 alle 22:39 (6 anni fa) da Roberto Grossi